維新政府建立后的某一天，在一個小村莊里劍心遇見了一位美麗的少女神谷薰。交談中得知有個叫此留間五兵衛(wèi)的人冒充拔刀齋在村里作惡，阿薰手拿竹刀與之拼命但不是對手，五兵衛(wèi)手起刀落，眼看阿薰性命難保，千鈞一發(fā)之際，一個人影風馳電掣般閃過，五兵衛(wèi)劈了個空，而阿薰已在一位英俊的紅發(fā)少年懷中。阿薰見救自己的竟然是一位拿逆刃刀的少年武士，而且還說自己就是殺人無數的劊子手拔刀齋，她很想知道劍心為什么不再殺人，她也很想了解劍心的過去，她希望劍心結束流浪生活在道場安家，用劍去實現保護受苦受難的人的愿望。阿薰把自己的身世告訴了劍心，她父親是神谷活心流傳人，一直遵循以劍活人，以劍救世……