小智(松本梨花 配音)帶著皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴們繼續(xù)前行在冒險的旅途之中。路上,一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴(釘宮理惠 配音)的少女麥亞麗(中川翔子 配音)。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環(huán),帶領大家在不同的地點來回穿梭。地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了,曾經,在這里發(fā)生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰(zhàn)爭,亦是因為這場戰(zhàn)爭,這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里,麥亞麗和哥哥巴爾扎(藤原龍也 配音)匯合了,讓大家沒有想到的是,巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中,封印被解開了,那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日,而它的真實身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。