或許過去，又或許未來，人類大規(guī)模向宇宙殖民。當(dāng)人口膨脹到五千億的時(shí)候，散落在宇宙各個(gè)角落的人類返回故土地球，卻引發(fā)了傷亡慘重的歸鄉(xiāng)戰(zhàn)爭(zhēng)。為了保護(hù)地球這片圣地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這里。可是曾經(jīng)作為聯(lián)合艦隊(duì)艦長(zhǎng)的哈洛克（小栗旬 配音）卻背叛蓋亞制裁，駕駛著他的阿爾卡迪亞號(hào)高舉叛旗，成為逃逸一百年之久的通緝犯。聯(lián)合艦隊(duì)長(zhǎng)官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亞馬（三浦春馬 配音）混入阿爾卡迪亞號(hào)，探尋尼伯龍根人發(fā)明的永動(dòng)機(jī)的秘密。在此期間，哈洛克率領(lǐng)船員向地球挺近，而聯(lián)合艦隊(duì)則在太陽(yáng)系布下天羅地網(wǎng)阻擋他的步伐。遙遠(yuǎn)的故土，失落已久的真相，令所有人為之震驚……