故事發(fā)生在日本的江戶時(shí)代，一名神秘的男子出現(xiàn)在了武士桂小太郎（石田彰配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個(gè)夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠配音）和新八（坂口大助配音），委托他們尋找主人的下落。同時(shí)，銀時(shí)（杉田智和）也受到委托，尋找四處作惡的紅櫻的下落。三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上，由于遠(yuǎn)離警察的管轄范圍，飛艇里的惡勢(shì)力一手遮天。在那里，銀時(shí)遇見了曾經(jīng)的戰(zhàn)友現(xiàn)在的對(duì)手高杉晉助（子安武人配音），高杉正帶領(lǐng)著自己的鬼兵隊(duì)企圖毀滅江戶。一面是窮兇極惡的恐怖分子，一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻，身受重傷的銀時(shí)能夠平安脫險(xiǎn)拯救江戶嗎？此次劇場(chǎng)版重制了《銀魂》動(dòng)畫中的《紅櫻篇》，其中，在原作中未出場(chǎng)的真選組也將在故事中大顯身手。